關(guān)鍵詞:載體構(gòu)建|實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)
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載體構(gòu)建|實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)——pCzn1質(zhì)粒+Arctic Express宿主菌低溫表達(dá)體系。
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測(cè)序?qū)嶒?yàn)流程：
設(shè)計(jì)siRNA靶序列
在制備siRNA 前都需要單獨(dú)設(shè)計(jì)siRNA序列.研究發(fā)現(xiàn)對(duì)哺乳動(dòng)物細(xì)胞,*有效的siRNAs是21-23個(gè)堿基大小、3’端有兩個(gè)突出堿基的雙鏈RNA；而對(duì)非哺乳動(dòng)物，比較有效的是長(zhǎng)片段dsRNA。siRNA的序列專一性要求非常嚴(yán)謹(jǐn)，與靶mRNA之間一個(gè)堿基錯(cuò)配都會(huì)顯著削弱基因沉默的效果。
1.  選擇siRNA靶位點(diǎn)
從轉(zhuǎn)錄AUG起始密碼子開(kāi)始，搜尋下游AA序列，記錄跟每個(gè)AA 3’端相鄰的19個(gè)核苷酸作為候選的siRNA靶位點(diǎn)。有研究結(jié)果顯示GC含量在30%-50%左右的siRNA要比那些GC含量偏高的更為有效。Tuschl等建議在設(shè)計(jì)siRNA時(shí)不要針對(duì)5'和3'端的非編碼區(qū)（untranslated regions,UTRs），原因是這些地方有豐富的調(diào)控蛋白結(jié)合區(qū)域，而這些UTR結(jié)合蛋白或者翻譯起始復(fù)合物可能會(huì)影響siRNP核酸內(nèi)切酶復(fù)合物結(jié)合mRNA從而影響siRNA的效果 
2.  序列同源性分析
將潛在的序列和相應(yīng)的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)（人或者小鼠、大鼠等等）進(jìn)行比較,排除那些和其他編碼序列/EST同源的序列。例如使用BLAST（ www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/）選出合適的目標(biāo)序列進(jìn)行合成.并非所有符合條件的siRNA都一樣有效,其原因還不清楚，可能是位置效應(yīng)的結(jié)果,因此對(duì)于一個(gè)目的基因，一般要選擇3-5個(gè)靶位點(diǎn)來(lái)設(shè)計(jì)siRNA。
3.  設(shè)計(jì)陰性對(duì)照
一個(gè)完整的siRNA實(shí)驗(yàn)應(yīng)該有陰性對(duì)照，作為陰性對(duì)照的siRNA應(yīng)該和選中的siRNA序列有相同的組成，但是和mRNA沒(méi)有明顯的同源性。通常的做法是將選中的siRNA中的堿基序列打亂。當(dāng)然，同樣要保證它和其他基因沒(méi)有同源性。
合成模板
1.  合成編碼 shRNA的DNA 模板的兩條單鏈，模板鏈后面接有RNA PolyIII聚合酶轉(zhuǎn)錄中止位點(diǎn)，同時(shí)兩端分別設(shè)計(jì) BamH I 和 Hind III 酶切位點(diǎn)，可以克隆到 siRNA 載體多克隆位點(diǎn)的 BamH I 和 Hind III 酶切位點(diǎn)之間。
2.  95℃，5 min，緩慢退火， DNA 單鏈得到 shRNA 的 DNA 雙鏈模板。